Z doterajších výskumov je zatiaľ známe že najstarší známy doklad o pezinskom hrade máme k dispozícii z konca 13. storočia. Jeho Budovanie je spojené s menami dvoch rodov grófov z Pezinka a Svätého Jura. Nedá sa vylúčiť, že údaj z roku 1295 sa ešte vzťahuje na staršie hradisko uvedené ako Alt Schloss na mape mesta z 18. storočia. Čo znamená že na mieste dnešného hradu stála ešte staršia feudálna stavba, ktorú postupom času pohltila architektonická hmota dnešného zámku. Prvá zmienka o konkrétnom – sakrálnom priestore situovanom na hrade, resp. v hradnom paláci pochádza z roku 1345. Kaplnku sv. Ladislava založil Šebeš II. , pričom jej správou poveril kňaza Konráda z Budína. O existencii tohto sakrálneho priestoru svedčia aj sondážnym výskumom nájdené situácie v juhozápadnom krídle na druhom podlaží v priestoroch dnešných spŕch a skladových priestorov, ktoré tu boli vybudované v 1. pol. 20. stor. Plošnými sondami sa pod vrstvami omietky zistili v rohoch bývalého priestoru „kaplnky“ zvyšky po osekaných rebrách, ale aj celý článok gotického rebra s hruškovitovou profiláciou. (pri prehliadkach hradu vám tieto detaily veľmi rád ukážem, treba prísť!) Týmto odhalil pezinský zámok druhý rukolapný dôkaz o existencii vyspelejšieho gotického feudálneho sídla. Doteraz jediným bol kamenný gotický lomený portál vedúci do zámockých pivníc. V 16. storočí vymrel rod svätojurských a pezinských grófov a ich majetky pripadli opäť kráľovskej korune. V druhej polovici storočia sa vo vlastníctve hradu vystriedali Gašpar Šerédi ( Serédy ) a bratislavský župan Eck zo Salmu. Ten ho v roku 1575 dal do zálohy barónovi Jánovi Krušičovi ( Krusics, Krusithius , 1525 - 1580). Práve vďaka nemu sa roku 1575 na zámku započali rozsiahle stavebné aktivity, ktorými sídlo začalo nadobúdať svoju renesančnú podobu. Dokončenie renesančnej prestavby hradu je spojené s menom Štefana Ilešháziho ( Illésházy, 1541 - 1609), druhého manžela Kataríny Pálffiovej (Pálffy, vdove po Jánovi Krušičovi) a neskoršieho Uhorského palatína. Na rozdiel od Krušiča si Iléšházi nepotrpel na prepych a komfort. Čomu aj nasvedčuje racionálne a praktické využitie priestorov a tým aj samotné prebudovanie hradu. Z roku 1586 sa nám zachoval maďarsky písaný opis inventáru zámku, z ktorého vyplýva že Iléšházi používal značnú časť interiérov svojho zámku na širokú obchodnú činnosť, ktorej sa venoval. Preto tu v opise nachádzame priestory ako: pekáreň, chlebovú komoru, pivnicu, kde bola uskladnená kvasená kapusta, lisovňu, sklad potravín oproti dielni krajčírov, debnárovu dielňu, miestnosť, v ktorej sa varilo pivo atd. A teda aj práve preto nemožno čakať na pezinskom zámku nejaké veľkolepé priestory, sály alebo prepychové vybavenie z toho obdobia. V roku 1608 kráľ nakrátko odobral pezinský zámok Ilešházyovcom, ale neskôr im ho kráľ Matej II. vrátil. Mohol tak pokračovať vo zveľaďovaní pezinského sídla, ale v roku 1609 jeho snahy náhle prerušila smrť. V roku 1615 prešlo pezinské panstvo do vlastníctva v prospech kráľa a Katarínu Pálffiovú tak pripravil o jej majetky po zosnulom manželovi Ilešházym. Z obdobia, kedy hrad podliehal korune pochádza jeho krátky opis obsiahnutý v urbári panstva Pezinok z roku 1618, v ktorom sa opisuje pomerne zlý stav niektorých častí objektu. Po smrti Kataríny Pálffiovej (1626) sa pezinské a svätojurské panstvo dostalo do zálohu Štefana Pálffiho za 310 tisíc zlatých. Od roku 1734 sa Pálffiovci stali ich dedičnými vlastníkmi. Tento stav pretrval až do prvej tretiny XX. storočia. Pálffiovci spočiatku nevenovali zámku primeranú pozornosť a aj práve preto sa v urbárnych záznamoch z roku 1718 -19 dozvedáme, že panstvo sa opisovalo ako ruina! 4. apríla 1875 zasiahol severné krídlo blesk a následný požiar ho celé zničil. Terajšie severné krídlo bolo postavené až začiatkom 40-tych rokov 20. storočia Slovenským vinohradníckym družstvom. Až v 19. storočí a na začiatku 20. storočia boli realizované stavebné úpravy so snahou o prinavrátenie reprezentatívneho výrazu celého sídla. Ako prvý začína s neskoroklasicistickými úpravami comes František Pálffi, ktorý dal vytvoriť v západnom krídle veľkú tanečnú sálu (dnešné kino) a založil priľahlý zámocký park a zasypal vodnú priekopu. Romantickú a historizujúcu prestavbu, najmä reprezentatačných priestorov na prízemí a salónov na poschodí má na svedomí jeho syn Ján Pálffi, známy ako vlastník hradu v Bojniciach. Interiéri najmä v juhovýchodnom krídle si dal upraviť v historizujúcom štýle, aby v nich mohol prezentovať svoje zbierky výtvarných diel a starožitností. Možno konštatovať že práve vtom období zažíval zámok (čo do prepychového sídla) svoj najväčší rozkvet. Z inventárov jeho majetku z roku 1909 sa dozvedáme, že v pezinskom zámku sa nachádzali aj diela významných majstrov neskorej gotiky a renesancie (L. M. Cranach, H. Memlinga, a iných ).

Po jeho smrti nastalo obdobie sporov o dedičstvo a zámok spolu s parkom kúpilo mesto Pezinok až v roku 1930. Mesto zámok predalo v roku 1936 Slovenskému vinohradníckému družstvu (SVD), ktoré ho značne prestavalo a vo vysokej miere tak zarpíčinilo stratu jeho pôvodného historického vzhľadu. Priestory zámku adaptovalo na výrobu a distribúciu vína a táto funkcia sa udržala takmer až do záveru 20. storočia. Súčasný vlastník Vinárske závody Pezinok, začal v roku 2010 s postupnou generálnou opravou zámku.